新增了十三位头领，梁山群雄重新议定职位座次。
“托塔天王”晁盖为山寨总都头领，管领山寨诸般事宜，有最终决定权；
“呼保义”宋江为山寨副都头领，管领行军作战事宜，辅佐晁盖管领山寨；
“智多星”吴用为山寨正军师，总督马、步、水三军兵马，负责调兵遣将；
“入云龙”公孙胜为山寨第一副军师，作战法师，监管山寨行政事宜；
“神机军师”朱武为山寨第二副军师，负责战前分析，出谋划策，督导军阵训练。
以上五位头领组成梁山首领团，负责运筹帷幄，总体决策。
马军二十六位头领、八千将士为梁山主力作战部队，以进攻作战为主，分成前、左、右、中、后五军，每军五个马军营，编制一千五百人。
前军“天勇军”主帅“大刀”关胜，副帅“没羽箭”张清，副将“丑郡马”宣赞、“井木犴”郝思文、“摩云金翅”欧鹏，领一千五百人，金沙滩前下寨；
左军“天雄军”主帅“豹子头”林冲，副帅“九纹龙”史进，副将“百胜将”韩滔、“天目将”彭玘、“火眼狻猊”邓飞，领一千五百人，鸭嘴滩前下寨；
右军“天立军”主帅“双枪将”董平，副帅“没遮拦”穆弘，副将“圣水将”单廷圭、“神火将”魏定国、“锦毛虎”燕顺，领一千五百人，金沙滩后下寨，其中单廷圭领三百人的玄甲营、魏定国领三百人赤甲营，为战术型特种部队；
中军“天英军”主帅“小李广”花荣，副帅“金枪手”徐宁，副将“镇三山”黄信、“病尉迟”孙立、“铁笛仙”马麟，领一千五百人，其中弓骑营和金枪营分别由花荣、徐宁直领，全军梁山关前下寨；
后军“天暗军”主帅“青面兽”杨志，副将“跳涧虎”陈达、“白花蛇”杨春、“小霸王”周通，领一千五百人，鸭嘴滩后下寨；
另有五百名骁勇马军组成“虎豹骑”，由吕方、郭盛统领，拱卫中军旗帜和头领，驻扎在山上主寨。
步军三十位头领、一万两千将士为梁山主力守山部队，以防御作战为主，分成“天孤军”、“天伤军”主战部队和六关守御部队。
“天孤军”主帅“花和尚”鲁智深，副将“两头蛇”解珍、“双尾蝎”解宝、“操刀鬼”曹正、“病大虫”薛永、“小遮拦”穆春、“打虎将”李忠、“白面郎君”郑天寿，领军两千五百人，金沙滩下寨；
“天伤军”主帅“行者”武松，副将“丧门神”鲍旭、“八臂哪吒”项充、“飞天大圣”李衮、“轰天雷”凌振、“金眼彪”施恩、“花项虎”龚旺、“中间虎”丁得孙，领军两千五百人，鸭嘴滩下寨，其中鲍旭统领五百人的“死神营”为前锋，项充、李衮统领五百人的“刀牌营”为护卫，凌振统领五百人的“风火营”为远程打击部队，专司火炮、石砲；
山前宛子城大关主将“赤发鬼”刘唐，副将“九尾龟”陶宗旺、“金钱豹子”汤隆，领军一千；
山腰断金亭关主将“插翅虎”雷横，副将“玉臂匠”金大坚、“通臂猿”侯健，领军一千；
山上寨前关由“毛头星”孔明、“独火星”孔亮把守，领军一千，兼护主寨；
东山关守将“云里金刚”宋万、“摸着天”杜迁，领军一千；
西山关守将“出林龙”邹渊、“独角龙”邹润，领军一千；
北山关守将“混世魔王”樊瑞、“没面目”焦挺，领军一千，兼护主寨旗帜。
水军十一位头领、三千将士为梁山水泊作战部队，以水面防御为主，分成“天寿军”、“天剑军”。
“天寿军”主将“混江龙”李俊，副将“船火儿”张横、“浪里白条”张顺、“出洞蛟”童威、“翻江蜃”童猛、“玉幡竿”孟康、“催命判官”李立、“霍闪婆”王定六，领军一千五百人，负责综合作战，李俊为水军大首领，与张横统领全体水军和精锐三百水军组成的“凛雪营”，张顺统领三百人的“凌霜营”，专司水下攻击，童威、童猛统领三百人的“冰霖营”，专司石砲、箭矢远程攻击，孟康统领三百人的“凝露营”，专司造船和运输，李立、王定六统领三百人的“凇雾营”，专司谍报探查；
“天剑军”主将是阮氏三雄“立地太岁”阮小二、“短命二郎”阮小五、“活阎罗”阮小七，领军一千五百人，是水上对抗的主力部队。
梁山主寨军政司头领林冲岳父张教头负责兵马训练，“圣手书生”萧让负责行文走檄，“铁面孔目”裴宣负责定功赏罚，“神算子”蒋敬负责考算钱粮，行政司头领“神医”安道全负责医治诸疾，“铁扇子”宋清负责一应杂务。
探报头领九位，“矮脚虎”王英、“鼓上蚤”时迁、“白日鼠”白胜负责军内探事，“铁叫子”乐和、“旱地忽律”朱贵依旧负责南山酒店，打听远近声息，新建的东山酒店由“小尉迟”孙新、“母大虫”顾大嫂负责，西山酒店由“菜园子”张青、“母夜叉”孙二娘负责。
总共八十七位头领各司其职，梁山军人丁兴旺，声威更胜从前。
连日山寨里杀牛宰马，作庆贺筵席。晁盖教向山前山后各拨定房屋居住，山寨里再起造房舍，修理城垣。宋江派人去接新降众人老小上山。
徐宁家眷被汤隆安排在曹州、黄信家眷在青州、韩滔家眷在陈州、彭玘家眷在颍州、单廷圭和魏定国家眷在凌州、凌振家眷在东京开封府，都陆续接到山寨居住。
孙立妻子乐大娘子和孔氏兄弟的叔叔孔宾在沂州朱富家中，宋江派孔亮、乐和去接，突然想起自己家中的老父亲宋太公，便向晁天王告假道：“宋江禀天王哥哥，今欲下山走一遭，乞假数日，未知肯否？”
晁盖便问道：“贤弟今欲要往何处，干甚么大事？”
宋江道：“宋江见众位兄弟家眷陆续上山，突然惦念家中老父，不知正是何如。小可在梁山相拒官军，恐怕官府着落郓城县追捉家属，比捕正犯，恐老父存亡不保。宋江想念，欲往家中搬取老父上山，以绝挂念，不知哥哥还肯容否？”