梁山一百单八将封职完毕，众头领尽皆欢喜。
都头领“呼保义”宋江与军师“智多星”吴用、副军师“神机军师”朱武等计议，改“聚义厅”为“忠义堂”。山顶立一面杏黄旗，上书“替天行道”四个大字。忠义堂前绣字红旗两面：一书“山东呼保义”，一书“河北玉麒麟”。
这一改弦更张，彻底去除了晁盖时代的印记。
朱武将马军分为左、右、前、后、中五军，各辖五个马军营，编制都是一千五百人马。
左军“天勇军”，主帅五虎大将左翼虎将“大刀”关胜，副帅八骠骑征东骠骑“没羽箭”张清，副将镇东彪将“丑郡马”宣赞、镇南彪将“井木犴”郝思文、飞枪彪将“花项虎”龚旺、飞叉彪将“中箭虎”丁得孙。
右军“天雄军”，主帅五虎大将右翼虎将“豹子头”林冲，副帅八骠骑征南骠骑“病尉迟”孙立，副将水彪将“圣水将”单廷圭、火彪将“神火将”魏定国、青彪将“摩云金翅”欧鹏、玄彪将“铁笛仙”马麟。
前军“天猛军”，主帅五虎大将先锋虎将“霹雳火”秦明，副帅八骠骑执锐骠骑“急先锋”索超，副将镇山彪将“镇三山”黄信、赤彪将“火眼狻猊”邓飞、白彪将“锦豹子”杨林。
后军“天威军”，主帅五虎大将合后虎将“双鞭”呼延灼，副帅八骠骑披坚骠骑“青面兽”杨志，副将镇西彪将“百胜将”韩滔、镇北彪将“天目将”彭玘、黄彪将“锦毛虎”燕顺。
中军“天立军”，主帅五虎大将中军虎将“双枪将”董平，副帅八骠骑征西骠骑“美髯公”朱仝、征北骠骑“九纹龙”史进、副将虎彪将“跳涧虎”陈达、龙彪将“白花蛇”杨春。
左、右、前、后、中五军总共七千五百马军。
另有特种独立马军部队：
八骠骑亲卫左骠骑“小李广”花荣的“神箭营”三百人马；
八骠骑亲卫右骠骑“金枪手”徐宁的“金枪营”三百人马；
左骑卫“小温侯”吕方、右骑卫“赛仁贵”郭盛的“虎豹骑”五百人马。
三支特种独立马军部队共计一千一百马军。
步军分为野战军和守山军。
野战军有两个军，各辖五个步军营，编制都是两千五百人。
左军“天孤军”，主帅两仪天将耀日天将“花和尚”鲁智深，副帅八卦神将天覆神将“赤发鬼”刘唐、虎翼神将“插翅虎”雷横、风扬神将“黑旋风”李逵，副将灭飞将“丧门神”鲍旭、落雨飞将“八臂哪吒”项充、穿云飞将“飞天大圣”李衮、刀飞将“操刀鬼”曹正、虎飞将“病大虫”薛永、武飞将“没面目”焦挺。
右军“天伤军”，主帅两仪天将明月天将“行者”武松，副帅八卦神将云垂神将“病关索”杨雄、龙飞神将“拼命三郎”石秀、地载神将“浪子”燕青，副将魔飞将“混世魔王”樊瑞、青飞将“青眼虎”李云、定飞将“打虎将”李忠、快飞将“金眼彪”施恩、白飞将“白面郎君”郑天寿、花飞将“小霸王”周通。
守山军分成六路，分别把守一处关隘，每个关上都是一千人。
南山第一关——“宛子城大关”最为重要，由八卦神将鸟翔神将“两头蛇”解珍、蛇蟠神将“双尾蝎”解宝兄弟二人把守；
南山第二关——“断金亭关”在半山腰，由龙飞将“出林龙”邹渊、独飞将“独角龙”邹润叔侄二人把守；
南山第三关——“寨前关”在山顶，由急飞将“毛头星”孔明、暴飞将“独火星”孔亮兄弟二人把守；
东山关由金刚飞将“云里金刚”宋万、巨灵飞将“摸着天”杜迁把守；
西山关由石飞将“石将军”石勇、巨飞将“险道神”郁保四把守；
北山关由福飞将“铁臂膊”蔡福、庆飞将“一枝花”蔡庆兄弟二人把守，兼管监押犯人和行刑。
野战步军和守山步军总共一万一千人。
步军还有一个特殊的兵种，就是“火炮军”。
“神机军师”朱武费尽心机把“轰天雷”凌振弄上山，一来是怕蔡京掌握了这门大规模、高效率、恐怖级、热兵器杀伤技术，基本就没这本书什么事了，二来也是想加强梁山军事力量，以备与朝廷长期作战，甚至参与四寇争霸。
然而事情并没有那么简单。
火炮虽好，但配制火药的原材料难弄。
火药需要消耗大量的硫磺、硝石和木炭，木炭随处可得，但硫磺只有在产煤的地方才有，硝石更是要到汉中去取。
梁山控制的地域范围狭小，要大量取得这几样东西颇费周折，这就注定目前无力发展最有前途的火炮军。
退而求其次，朱武让凌振先装配了一个五百人的“石砲营”，就像三国时刘晔的“霹雳车”，可以发射石弹，杀伤力、杀伤距离都远远超过弓弩，可以用来加强水泊岸边防御。
然而“石砲营”移动不便、近战能力差，因此朱武又让“小遮拦”穆春率领一个五百人的护砲营，专门守卫“石砲营”。
步军尚余一千二百人，便由军政司众参谋“圣手书生”萧让、“铁面孔目”裴宣、“神算子”蒋敬统御，编成预备军，担任山寨巡防部队。
水军增加了“没遮拦”穆弘为水军头领，加强水军的近战能力。
水军十二位头领、三千将士为梁山水泊作战部队，以水面防御为主，仍根据以往编制，分成“天寿军”、““天剑军”。
“天寿军”主将“混江龙”李俊，副将“没遮拦”穆弘、“船火儿”张横、“浪里白条”张顺、“出洞蛟”童威、“翻江蜃”童猛、“玉幡竿”孟康、“催命判官”李立、“霍闪婆”王定六，领军一千五百人，负责综合作战，李俊为水军大首领，统领全体水军；穆弘统领精锐三百水军组成的“凛雪营”，专司船上近战；张横、张顺统领三百人的“凌霜营”，专司水下攻击；童威、童猛统领三百人的“冰霖营”，专司箭矢远程攻击；孟康统领三百人的“凝露营”，专司造船和运输；李立、王定六统领三百人的“凇雾营”，专司谍报探查；
“天剑军”主将是阮氏三雄“立地太岁”阮小二、“短命二郎”阮小五、“活阎罗”阮小七，领军一千五百人，是水上对抗、登陆作战的主力部队。